第二季的《Heroes》故事始於紐約上空發生爆炸後的四個月，Peter、Matt、Nathan及Sylar均僥倖生還。除了經已喪失異能的Sylar之外，各人都努力回復普通人的生活；而Sylar卻繼續尋求恢覆異能的方法。Mohinder教授加入了神秘組織，深入虎穴，目的是為了研究一種名為Shanti的病毒，找出令異能人士包括The Haitian、Niki及Sylar等人失去異能的原因。而失憶的Peter預見這病毒將為紐約帶來浩劫，結果眾Heroes再次聚首一堂，合力遏止病毒的散播，拯救人類。